依托药物化学国家级继续教育基地积极开展高水平的继续教育项目, 基地分别于2007年、2011年、2013年和2017年顺利通过每三年1次的重新评估与审定。学院发挥北京大学的综合优势，将药物化学学科作为龙头学科，依托“国家重点实验室”和“北京大学医药管理国际研究中心”，搭建国际化的继续教育平台。
药物化学国家级继续教育基地近年开展的继续教育项目：
培训项目 |
当代新药研究与开发研讨班 |
中药现代研究与开发研讨班 |
北京医药高级技术人员研修班 |
第四届中美有机化学教授会 |
2012年第八届世界华人药物化学研讨会暨第九届IUPAC化学生物学国际研讨会 |
第二届“中国医药发展论坛”暨药品质量与市场准入研讨会 |
天然药物及仿生药物国家重点实验室学术年会 |
第四届定量药理学与新药评价国际会议 |
国家食品药品监督管理局药品审评人员岗前培训班 |
县级公立医院药事综合改革人才培养项目 |
药物经济学研究与实践培训班 |
医保改革与合理用药国际研讨会 |
药物化学学科国家级继续医学教育基地以学科优势和特点推动基地工作，除了以培训班方式开展继续教育项目以外学院还接收国内访问学者和进修人员，国内访问学者指导老师全部为教授及博士生导师。
